Das Landessekretariat ist die politische und organisatorische Zentrale der Jungen Union Bayern. Es organisiert die Aktivitäten des Landesverbandes, koordiniert die inhaltliche Arbeit des Landesvorstands und der Abgeordneten der Jungen Union Bayern und übernimmt die Presse- und Öffentlichkeitsarbeit. Es arbeitet dabei dem Landesvorsitzenden und dem Landesvorstand zu. Eine grundlegende Aufgabe des Landessekretariats sind die zentralen Dienstleistungen und der Service für die Verbände der JU vor Ort.
Das Landessekretariat wird durch den Landesgeschäftsführer der Jungen Union Bayern geleitet. Der Landesgeschäftsführer ist zugleich Referatsleiter in der CSU-Landesleitung und gemäß Satzung Mitglied des Landesvorstandes der JU Bayern. Die Fachreferenten der Jungen Union Bayern betreuen die Referate Inhalte, Digitale Kommunikation, Organisatorisches und Verbandsarbeit.